প্রস্রাবে বিভিন্ন উপাদান, যেমন- তরল, খনিজ এবং অম্লের ভারসাম্যহীনতায় কিডনিতে পাথর হয়ে থাকে। কিডনির পাথর কয়েক ধরনের হয়। এর মধ্যে ক্যালসিয়াম পাথর একটি। সাধারণত খাদ্যব্যবস্থা (কিছু কিছু শাকসবজি, ফলমূল, বাদাম ও চকোলেট উচ্চমাত্রায় অক্সলেট আছে), উচ্চমাত্রার ভিটামিন-ডি, অন্ত্রের বাইপাস সার্জারি এবং বিভিন্ন ধরনের গ্রহণ বিপাকীয় সমস্যার কারণে প্রস্রাবে ক্যালসিয়াম ঘনীভূত হয়।

ক্যালসিয়াম পাথর অনেক সময় ক্যালসিয়াম ফসফেট আকারেও হয়। আরেকটি হলো স্টুভাইট পাথর। সাধারণত মূত্রাধারে সংক্রমণের কারণে এটি হয়। এগুলো খুব দ্রুত বৃদ্ধি পায় এবং বেশ বড় হয়। ইউরিক অ্যাসিডের কারণেও কিডনিতে পাথর হয়ে থাকে। যাদের পানিশূন্যতা আছে, উচ্চ আমিষযুক্ত খাদ্যগ্রহণ করেন এবং গেঁটেবাত আছে, তাদের এ পাথর হতে পারে। এ ছাড়া জিনগত কিছু কারণ এবং রক্তের কলায় সমস্যা থাকলেও এ পাথর হতে পারে।

আরেকটি কারণে কিডনিতে পাথর হতে পারে। যেমন- সিস্টিন পাথর। সাধারণত বংশগত কোনো সমস্যার কারণে এ পাথর হয়। এতে কিডনি থেকে অতিরিক্ত পরিমাণ অ্যামিনো অ্যাসিড বের হয়। পরিবারের কারও কিডনিতে পাথর হলে অথবা যাদের একবার কিডনিতে পাথর হয়েছে, তাদের ছাড়াও রোগটি হতে পারে- যাদের বয়স চল্লিশ বা তার বেশি। এ ছাড়া পানি কম পান করার কারণে শরীরে পানিশূন্যতা দেখা দিলে, যারা উচ্চ আমিষ, উচ্চ সোডিয়াম এবং উচ্চ চিনিযুক্ত খাবার খান, তাদের কিডনিতে পাথর হতে পারে। যাদের আগে থেকে কিডনির সমস্যা, যেমন- মূত্রতন্ত্রের সংক্রমণ, সিস্টিন ইউরিয়া ছাড়াও প্যারাথাইরয়েড গ্রন্থির অতিক্রিয়া আছে, তাদেরও কিডনিতে পাথর হতে পারে।